Si j'ai bien compris ce que tu voudrais faire, c'est recycler des perles "ratées" en les transformant en frittes.
Pour y arriver, tu dois d'abord enlever toute trace de séparateur dans tes perles, sinon tu risques bien d'avoir de la poudre de séparateur sur tes perles via l'application de frittes et ce serait plus que dommage. Et trier tes frittes pour séparer celles qui ont des traces de séparateur de celles qui n'en ont pas va te prendre beaucoup (trop?) de temps.
Mais pour répondre à ta question, oui la poudre de séparateur est nocive. Des études ont montré qu'elle pouvait notamment provoquer des cancers lorsqu'elle était inhalée. C'est pour cela qu'il convient de sortir les perles du mandrin après avoir trempé le mandrin dans de l'eau. Le séparateur mouillé n'est pas du tout volatile, donc c'est OK. C'est aussi pourquoi il vaut mieux porter un masque adéquat si l'on décide de mixer son propre séparateur.
Ce que je viens de dire vaut pour la grande majorité des séparateurs mais pas tous car c'est un élément dans la composition du séparateur qui fait problème, la silice me semble-t-il mais je n'en suis pas sûre à 100%, il faudrait que je vérifie dans mes bouquins. Certains n'en contiennent pas, mais ils sont rares et la composition d'un séparateur n'est que peu souvent indiquée, alors autant appliquer un sage principe de précaution. Cela dit, je ne suis pas sûre que les particules fines, même sans silice, fassent du bien à nos petits poumons déjà fortement sollicités par des pollutions diverses.
Ainsi, il est important de nettoyer le trou de ses perles, car outre l'esthétique (ben oui, ce n'est pas joli de la poudre blanche de séparateur qui se dépose sur un pull, lorsque l'on porte un collier réalisé avec des perles au chalumeau), ce n'est pas très bon pour la santé de la personne qui porte le bijou et qui ignore peut-être ce petit détail.